Сегодня АО НИИ Нептун входит в контур управления холдинговой компании АО Объединённая приборостроительная корпорация и является одним из более чем 700 организаций, входящих в состав государственной корпорации Ростех, созданной для содействия разработке, производству и экспорту высокотехнологичной промышленной продукции гражданского и военного назначения. За годы своей деятельности НИИ Нептун накопил уникальный опыт по комплексированию средств связи боевых кораблей, судов, береговых объектов и выработал оптимальный подход к разработке эффективных систем и средств связи специального назначения. Основными заказчиками продукции института в последнее десятилетие являлись Береговая охрана Пограничной службы ФСБ России, Минобороны РФ (ВМФ). За 70 лет предприятие поставило на боевые корабли более 140 автоматизированных комплексов связи типа Тайфун и Буран, а в текущем году приступило к поставкам автоматизированного комплекса связи Рокот, принципы построения которого были обоснованы нашими сотрудниками в НИР, и разработаны НИИ Нептун в одноименной ОКР. На сегодняшний день институт является единственным поставщиком автоматизированных комплексов связи для кораблей береговой охраны Пограничной службы ФСБ России и одним из ведущих в стране разработчиком и изготовителем коротковолновых радиопередающих устройств, комплексов и антенн, работающих в жестких корабельных условиях и удовлетворяющих требованиям отечественных и международных стандартов качества разработки и производства. Имеющийся научно-производственный потенциал института и активная работа по его наращиванию, ориентирование на современные технологии позволяют смело смотреть в будущее и обеспечивать эффективное выполнение следующих видов деятельности.